เกษตรกรรมเชิงอุตสาหกรรม มีผลกระทบต่อเกษตรกรในหลายแง่มุม
1 ดินของตนเสื่อมโทรม ดินเสื่อมคุณภาพ ขาดความอุดมสมบูรณ์ดินขาดความหลากหลายทางชีวภาพทำลายระบบนิเวศน์ดั้งเดิมในพื้นที่การเกษตร ส่งผลให้เพิ่มความเสี่ยงต่อการเกิดโรคพืชและศัตรูพืช
2 มีต้นทุนการผลิตที่สูงขึ้น พึ่งพาเครื่องจักร ปุ๋ยเคมี สารเคมีป้องกันศัตรูพืช และเมล็ดพันธุ์ที่ปรับปรุงพันธุกรรม
3 ลดอำนาจต่อรองทางเศรษฐกิจ เสียอำนาจต่อรองและถูกกดราคาผลผลิต เสียเปรียบในการแข่งขันกับเกษตรอุตสาหกรรม
4 เปลี่ยนแปลงวิถีชีวิต ทำให้ความสัมพันธ์ในชุมชนการเกษตรแบบดั้งเดิมอ่อนแอลง ต้องปรับเปลี่ยนการผลิตให้สอดคล้องกับมาตรฐานอุตสาหกรรม สุขภาพเกษตรกรไม่ดี เนื่องจากเกิดการปนเปื้อนในน้ำ ดิน และอาหาร